Crespo đã có 64 lần khoác áo đội tuyển quốc gia Argentina và có 35 bàn thắng. Anh có trận đấu đầu tiên cho đội tuyển trong trận giao hữu với Bulgaria vào tháng 2 năm 1995 nhưng phải đợi 16 tháng sau mới được gọi vào đội tuyển lần thứ hai và mất hơn hai năm để có được bàn thắng đầu tiên. Anh là thành viên của đội tuyển Olympic Argentina tham dự Thế vận hội Mùa hè 1996 tại Atlanta và là vua phá lưới của giải.[11] Trong sự nghiệp của mình, anh đã cùng đội tuyển Argentina tham dự 3 kỳ Word Cup: World Cup 1998, World Cup 2002 (ghi được 1 bàn vào lưới Thụy Điển [12]) và World Cup 2006. Đặc biệt, tại World Cup 2006, với 3 bàn thắng ghi được trong các trận đấu với Côte d'Ivoire, Serbia và Montenegro và Mexico [13][14][15], anh đã đoạt danh hiệu Chiếc giày bạc và được FIFA chọn vào đội hình tiêu biểu của giải đấu.